Résumé : Comme la paix est de retour à Kanto, de nouveaux voyages et événements commencent dans une autre région, Johto. Or appréciait sa vie normale avec sa famille de Pokémon, qui ont été avec lui depuis sa naissance, jusqu'à sa rencontre avec un voleur au laboratoire du Professeur Orme. Alors qu'il part à l'aventure à la poursuite du voleur nommé Argent avec le Pokédex du professeur Chen, il se heurte aux complots de l'Homme Masqué, le nouveau chef de la Team Rocket. Dans un même temps, le professeur Chen envoie une "professionnelle de la capture Pokémon" nommée Cristal en voyage afin de compléter le Pokédex...